第一税务分局（重点税源企业税收服务和管理局）

主要职责：组织实施重点税源企业税收服务和管理工作；承担“千户集团”企业名册管理、数据采集、风险应对工作。

第二税务分局

主要职责：组织实施车辆购置税征收管理工作。

第三税务分局（税收风险管理局）

主要职责：组织实施信息数据和风险管理工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理与分析应用。

稽查局

主要职责：组织实施税务稽查法律法规、规章及规范性文件；承担本市税收、社会保险费和有关非税收入检查工作；承担辖区内涉税（费）违法案件受理、查处、管理工作。

第一稽查局

主要职责：负责南宁市青秀区、上林县区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作；承担上级统筹安排案源的检查和执行等稽查工作。

第二稽查局

主要职责：负责南宁市兴宁区、南宁市西乡塘区、马山县、隆安县区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作；承担上级统筹安排案源的检查和执行等稽查工作。

第三稽查局

主要职责：负责南宁市江南区、南宁市邕宁区、南宁市武鸣区、横州市、宾阳县区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作；承担上级统筹安排案源的检查和执行等稽查工作。

第四稽查局

主要职责：负责南宁市良庆区、南宁高新技术产业开发区、南宁经济技术开发区、广西-东盟经济技术开发区区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作；承担上级统筹安排案源的检查和执行等稽查工作。